Team Aqua to grupa przestępcza z Hoenn, zaciekli przeciwnicy Zespołu Magma, który ma dokładnie odwrotne problemy, jak by "pomóc światu" . Celem Zespołu Aqua jest odnalezienie i zbudzenie legendarnego Kyogre, który zasłynął w mitologii jako twórca wód i oceanów. Z jego pomocą zamierza zalać świat, by było więcej miejsca dla wodnych Pokémonów.
Logo:
Siedziba: Lilycove City
Najważniejsi Członkowie:
Lider: Archie
Dowódcy: Matt,Shelly,Amber

Wymagania do dołączenia:
Posiadać trzy pokemony wodne powyżej 10 levela.
lub
Być spokrewniony z kimś ważnym np. z Shelly